Che cos’è l’analisi NGS
Il sequenziamento massivo parallelo o Next Generation Sequencing (NGS) è una tecnologia innovativa e altamente versatile che permette il sequenziamento in parallelo di milioni di frammenti di DNA: questo permette di eseguire analisi di molteplici geni contemporaneamente, con una resa diagnostica superiore al sequenziamento tradizionale, accorciando drasticamente i tempi dell’analisi genetica.
Le tecnologie NGS sono in grado di definire il quadro di milioni di sequenze di DNA per singola corsa in tempi relativamente contenuti. In oncologia in generale e nel progetto NGBreast 2.0 l’utilizzo delle tecnologie NGS trova impiego nella ricerca mutazionale su campioni di sangue periferico (Biopsia liquida), tramite l’estrazione del ctDNA (circulating tumor DNA), e su campioni diagnostici di tessuto tumorale (Profiling molecolare di tessuto) fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE).
La biopsia liquida è una tecnica di diagnostica molecolare dedicata ai pazienti oncologici, e consiste in un prelievo di sangue periferico dal quale si estrae il DNA tumorale circolante (ctDNA) al fine di eseguirne una analisi mutazionale. La biopsia liquida può essere utile a confermare le informazioni molecolari ottenute a partire da un tessuto tumorale, o ad ampliarne il significato. L’analisi del ctDNA molto spesso rivela la presenza di mutazioni non note, originate sia dal tessuto primario che dai tessuti metastatici, fornendo la possibilità di studiare lo stato e l’evoluzione della patologia a livello sistemico.
Il profiling molecolare dei tessuti è una tecnica di diagnostica molecolare dedicata ai pazienti oncologici, e consiste nell’estrazione del DNA da un campione di tessuto fissato in formalina e incluso in paraffina (FFPE) o in slide, al fine di eseguirne una analisi mutazionale.
L’analisi del DNA tissutale rivela la presenza di mutazioni relative esclusivamente al frammento di tessuto in esame. Il progetto NGBreast 2.0 mette a disposizione del clinico un servizio di Profiling molecolare di tessuto tramite analisi mutazionale NGS del pannello di oncogeni selezionati.
L’analisi del profilo mutazionale mediante NGS prevede un pannello multigene Myriapod Diatech con procedura CE-IVD su sangue e tessuto, i geni sono i seguenti: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR3, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, ROS1.